На протяжении долгих лет он не только возглавлял архивное дело Татарстана, но и в 2002–2006 гг. руководил Геральдическим советом республики. По его инициативе в 1995 г. был учрежден научно-документальный журнал «Гасырлар авазы – Эхо веков», главным редактором которого он оставался до конца жизни. Являясь автором более 200 научных публикаций, Д.Р. Шарафутдинов внес большой вклад в развитие архивного дела и популяризацию документального наследия Российской Федерации и Республики Татарстан. Многие из его исследований, посвященные вопросам традиционной культуры татарского и других народов Поволжья и Приуралья, идеологической борьбы по национальному вопросу в 1920-е гг. XX в. и другим темам, получили широкий общественный резонанс.